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La Farmacia Militar se encuentra en un momento de transición con la reciente inauguración de las nuevas instalaciones en Colmenar Viejo, las cuales concentran las producciones de las diferentes plantas de producción existentes hasta el momento y teniendo como objetivo la certificación en Normas de Correcta Fabricación de las diferentes líneas, prestando especial atención a la fabricación de elaborados con interés estratégico como los antídotos NBQ.
La primera mención a un laboratorio dedicado a la producción de medicamentos en el ámbito militar se produce a finales de 1693, cuando se crea, en la Real Botica, un laboratorio yatroquímico a instancias del Boticario Mayor Juan de Moya. El objetivo de estas instalaciones era suministrar medicamentos a las tropas españolas en Orán. Se inicia así una vía exclusiva de obtención de medicamentos para las Fuerzas Armadas de nuestro país.