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El precio de un medicamento no es el resultado de un procedimiento competitivo en toda la Unión Europea sino que se fija directamente al término de un procedimiento administrativo en la mayor parte de los Estados miembros. Las divergencias existentes entre las normativas nacionales en materia de precios y financiación de medicamentos son un factor estructural de la aparición de diferencias de precios significativas entre los Estados miembros, cuya consecuencia principal es el comercio paralelo de medicamentos.
Otra consecuencia es el impacto que la fijación de un precio por parte de una autoridad sanitaria nacional pueda tener en otras jurisdicciones, dado que la mayoría de países de la Unión Europea toman en consideración los precios fijados en otras jurisdicciones para determinar el precio del medicamento en cuestión.